Déterminer quels poissons vivent dans différents plans d’eau peut être une tâche ardue pour les scientifiques qui étudient ces populations. L’identification d’espèces envahissantes ou en voie d’extinction, par exemple, s’est souvent basée sur la capacité de les attraper.
Maintenant, selon une nouvelle étude publiée dans Methods in Ecology and Evolution, les chercheurs ont amélioré leur méthode de suivi des espèces en utilisant le matériel biologique que ces organismes laissent derrière eux connu sous le nom ADN environnemental (eDNA).
Les traces de l’ADNc portent les mêmes informations vitales qu’un échantillon direct d’ADN, comme un échantillon de sang ou de tissu. Pensez au travail effectué par des médecins légistes, qui peuvent identifier les individus d’un brin de cheveux.
Jusqu’à présent, les chercheurs croyaient que l’immersion d’ADN par les organismes dans leurs environnements aqueux était considérablement dégradée et de faible qualité, ce qui rendait difficile de prendre ces fragments et de les associer à une espèce spécifique.
Il s’avère que les cellules qui se répandent dans l’eau protègent l’ADN étroitement enroulé.
«Nous avons réussi à détecter et à travailler avec de longues et intactes pièces d’ADN», a déclaré Michael E. Pfrender, directeur de la Genomics & Bioinformatics Core Facility et professeur agrégé au Département des sciences biologiques et l’Initiative de changement environnemental de l’Université de Notre Dame. « Cela modifie complètement la vision dominante que nous ne pouvons travailler que de petits fragments d’ADNN hautement dégradé. Maintenant, nous pouvons commencer à utiliser l’information tirée de ces longues chaînes d’ADN pour développer des identifications d’espèces plus précises et pour détecter les variations génétiques au sein des espèces ».
Les chercheurs ont recueilli des échantillons d’eau provenant des lacs, des étangs et des cours d’eau de la région et ont utilisé une technologie de réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour amplifier ou copier tous les génomes mitochondriaux de l’ADNc trouvé dans ces environnements.
Grâce à cette méthode améliorée, les scientifiques peuvent obtenir une image plus détaillée de la biodiversité dans divers habitats aquatiques.
« Il existe un effort continu pour localiser des bases de données, comme le Centre National de Biotechnologie Information (NCBI) Genbank », a déclaré Pcrender. « Nous n’avons pas de signatures génétiques pour toute la biodiversité que nous aimerions surveiller. Ces bases de données sont essentielles pour nous aider à identifier les différentes espèces vivant dans ces communautés ».
La méthode utilisée dans l’étude n’est pas seulement plus précise, elle est plus efficace en ce qui concerne la recherche et la gestion des espèces envahissantes.
La Source: http://bit.ly/2tKu8Ct
