يشكل التنوع الوراثي حاجزاً واقياً ضد التغيرات السلبية التي تحدثها الآفات والأمراض والتغيرات المناخية، كما أنه يوفر مادة التأقلم مع الأوساط المختلفة وملائمة للاستعمالات المتعددة. وبناء عليه لم تعد دراسة الصفات الشكلية كافية لدراسة التنوع الحيوي، وبشكل خاص عند وجود تقارب كبير بين النباتات المدروسة، كما أن هذه الصفات الشكلية شديدة التأثر بالظروف البيئية المحيطة بالنبات، حيث تعد التباينات الشكلية من المعايير الأولى التي استخدمت في عملية التوصيف والتصنيف ودراسة التباينات بين وضمن الأنواع المختلفة، إلا أنه في الآونة الأخيرة، وفي ظل التطور المتسارع في علم التقنيات الحيوية اكتشفت معايير ومؤشرات أكثر دقة يمكنها تحقيق هذا الهدف وتطويره، أهمها دراسة التنوع الوراثي باستخدام المعلمات الجزيئية التي تستند على معلومات مأخوذة من جزيئة الحمض النووي الريبي منقوص الاكسجين DNA، والتي تسمح بالتمييز بين فردين محددين.
لقد تطورت المعلمات الجزيئية بشكل كبير وتعددت أنواعها والمبدأ الذي تعتمد عليه، وكذلك استخداماتها وتطبيقاتها، حيث أمكن من خلالها التغلب على سلبيات التقنيات السابقة كونها تتميز بخصائص عديدة، منها سرعة الحصول على النتائج ودقتها في كثير من الأحيان، إضافة إلى القدرة على كشف نسبة أكبر من التباينات الوراثية، وتغطية كافة مناطق جينات النباتات. لقد أدى تطور التقنيات الحيوية إلى ظهور عدد كبير من المعلمات الجزيئية الهامة التي تتباين في نوع ومستوى المعلومات التي تزودنا بها، والتي اعتماداً عليها يتم إنشاء خرائط الارتباط الوراثي، ومن أهمها:
-التعددية الشكلية للــ DNA المضخم عشوائياً RAPD.
-تكراريات التسلسلات البسيطة SSRs.
-التعددية الشكلية لقطع “الدنا” المهضومة بأنزيمات التقييد AFLPs.
-أكثرها حداثة هي مؤشرات التباين بـ نوكليوتيد واحد SNPs.
ومنذ عام 1994 وجدت تقنية جديدة للمعلمات الجزيئية، والتي تدعى (تقنية التكرارات الترادفية البسيطة الداخلية ISSR)، تتميز بأنها غير مكلفة مقارنة مع باقي التقنيات الاخرى، من حيث عدم احتياجها لتجهيزات معقدة أو مواد حيوية غالية الثمن، علاوة على ذلك فقد ثبت نجاحها على عدد كبير من الأنواع النباتية، مثل: (اللوز العربي، السوسن الذهبي وغيرها)،كما تمتاز هذه التقنية بأنها ذات تكرارية ووثوقيه عالية، ولا تحتاج إلى معلومات مسبقة عن المجين (GENOME)، كما أثبتت الدراسات الأخيرة التي أجريت على هذه التقنية أنها لا تحتاج إلى تراكيز عالية من الحمض النووي الريبي منقوص الاوكسجين DNA للمادة المدروسة، وهذا مفيد جداً للدول الفقيرة.
لقد ذكر الكثير من العلماء عن أن أهمية استخدام التقنيات الحيوية على المستوى الجزيئي للمادة الوراثية، أدى إلى تسريع وتحسين تربية المحاصيل، وأنها تعطي مؤشرات مساعدة في اسراع عمليات الانتخاب والتربية، وهي بذلك تختصر الزمن الذي تستغرقه عمليات التربية، إضافة لخفض تكاليفها المادية.
