Pendant des années, le séquençage du génome a été une pratique largement isolée des grands groupes de recherche avec les ressources nécessaires pour supporter le coût élevé des équipements nécessaires. Aujourd’hui, cependant, les progrès rapides de la technologie derrière la science sont rapidement la sortie du laboratoire et de la vie quotidienne.
Le Texas A & M AgriLife Research Genomics and Bioinformatics Service organise une formation cette semaine où 38 étudiants de Texas A & M et d’autres chercheurs de l’Amérique du Nord obtiennent une expérience pratique avec l’Oxford Nanopore Technology Minion – un système de séquençage du génome pas beaucoup plus grand qu’un USB flashdrive, dont les fonctionnaires ont déclaré qu’ils développent rapidement l’accessibilité et les possibilités du domaine.
Charles Johnson, directeur de la génomique et de la bioinformatique et directeur exécutif du Centre for Bioinformatics et Genomic Systems Engineering au service, a déclaré que l’atelier de formation de cinq jours – une partie de la série PoreCamp qui a débuté en 2015 – comprend cinq scientifiques considérés comme des experts de premier plan Sur le terrain. L’atelier est remarquable comme le premier de son genre aux États-Unis.
Johnson a déclaré que l’atelier était spécifiquement conçu pour reproduire les cours précédents que les scientifiques ont menés au Royaume-Uni en donnant aux participants la possibilité d’en apprendre davantage sur plusieurs facettes de la technologie, ses utilisations et le processus qui l’entoure grâce à une combinaison de conférences, de démonstrations de laboratoire Et des tests pratiques.
Johnson a également noté que Texas A & M a des liens avec l’histoire derrière le Minion sous la forme d’Oxford Nanopore Technology founder et professeur de biologie chimique à l’Université d’Oxford Hagan Bayley. Entre 1997 et 2003, Bayley était membre du corps professoral chez A & M, laissant juste deux ans avant de fonder la société scientifique nanopore.
Lorsque les précédentes itérations de la technologie requièrent de gros appareils de lavage à la taille de la machine connectés à des superordinateurs, Johnson a déclaré que la Minion, de taille poche, a ouvert un monde de nouvelles opportunités aux chercheurs en offrant des performances de qualité dans un paquet miniature.
John Tyson, associé de recherche à l’Université de la Colombie-Britannique et l’un des scientifiques qui ont mené l’atelier, a déclaré que l’une des choses les plus excitantes de la formation et de la technologie elle-même est la façon dont elle aide à «démocratiser le champ de séquençage».
« Ils essaient de laisser aller à tous, même s’ils ne produisent rien de vraiment fantastique », a déclaré Tyson.
À un prix de départ de 1 000 $, Tyson a déclaré que la Minion met la technologie et les capacités de test à la portée des chercheurs – et même des citoyens privés – qui auraient déjà été exclus par le coût élevé. Dans les années à venir, Tyson a déclaré qu’il s’attend à voir que le coût de la technologie continue de diminuer puisqu’il est affiné et développé pour un certain nombre d’objectifs spécifiques, comme les tests de diagnostic effectués dans la clinique.
Parmi les aspects les plus excitants – et parfois frustrants – de la technologie, Tyson a déclaré, c’est le taux d’évolution rapide qu’il subit actuellement. Il a déclaré que souvent des changements significatifs dans le codage ou la méthode peuvent se produire de semaine en semaine.
« Vous devez avoir une certaine volonté de l’essayer et de vouloir faire mal », a déclaré Tyson.
Deux des autres scientifiques en vedette qui ont mené l’atelier – Nick Loman de l’Université de Birmingham et Mick Watson de l’Université d’Édimbourg – ont déclaré que la technologie MinION l’a fait sur le terrain, les membres de leur équipe l’utilisant pour tester et détecter la Le virus Ebola en Guinée et le virus Zika au Brésil.
Loman a déclaré que la taille portative et la possibilité de connecter le Minion à un ordinateur via un câble USB ont ouvert une large gamme de nouvelles possibilités aux chercheurs, y compris la possibilité de se rapprocher de la source du sujet qu’ils étudient et d’analyser les données dans En temps réel sur site.
« Pour le moment, nous réagissons à ces épidémies et nous voulons sortir de ce mode réactif », a déclaré Loman. « Nous voulons être en mesure de détecter les problèmes quand ils sont petits et adressables plutôt que lorsqu’ils sont hors de contrôle, ce qui est arrivé avec Zika ».
En plus de l’étude des agents pathogènes, Loman et Watson ont souligné que la technologie comporte de nombreuses autres applications potentielles allant de l’étude des microbiomes souvent symbiotiques vivant à l’intérieur des humains et des animaux ou au diagnostic de maladies à l’examen de la nourriture sur votre assiette.
« L’important, qui rend ce différent d’un équipement de laboratoire normal, est que la plupart des équipements ne quittent jamais le laboratoire », a déclaré Loman. « … C’est une technologie potentielle qui sortira du laboratoire et de la fabrication des aliments, dans les cliniques et les hôpitaux et potentiellement dans le suivi environnemental ».
Quant à l’atelier lui-même, Watson l’a décrit comme «une expérience intense» avec beaucoup de travail mais finalement enrichissant. Plus précisément, il a déclaré qu’il est «intéressant de voir» les participants aux projets qui les accompagnent pour travailler avec des exemples, y compris tout, des lamantins aux puces.
« C’est une technologie très cool qui vous permet d’aller jusqu’au début de la conception d’une expérience jusqu’à la fin de la semaine », a déclaré Watson. « Vous ne savez pas ce qui se passera. Certaines choses échouent, certaines choses fonctionnent mieux que prévu … C’est vraiment excitant ».
Johnson a déclaré que les participants fermeront l’atelier avec un voyage à Austin, où ils utiliseront la technologie MinION pour des tests en temps réel sur le terrain à Jester King Brewery
La Source: http://bit.ly/2r4nrih
